Kepesatan pembangunan masa kini menyebabkan sumber air sungai memerlukan perhatian yang lebih serius. Begitu juga dari segi usaha mengawal hakisan sungai, pantai dan pengurusan banjir yang menjadi semakin mencabar. Oleh yang demikian Jabatan ini telah mewujudkan bahagian khusus yang di namakan Bahagian Sungai dan Pantai bagi menumpukan kepada kerja-kerja perancangan dan pelaksanaan dan pengurusan projek-projek pemuliharaan sungai, tebatan banjir, pengurusan sungai dan pengurusan zon pantai. Bahagian ini diketuai oleh seorang Ketua Penolong Pengarah (J48).

Bahagian ini juga diberi tanggungjawab untuk menjalankan Program Satu Negeri Satu Sungai dengan tujuan untuk memberikan kesedaran kepada orang ramai betapa pentingnya sungai di dalam kehidupan serta menimbulkan keinginan untuk memelihara dan mencintai sungai.